Ὁ Ἰβᾶν Ἴλιτς Σέρκιεφ γεννήθηκε στὶς 19 Ὀκτωβρίου 1829 στὴν Σούρα, μικρὸ χωριὸ στὴν ἐπαρχία τοῦ Ἀρχαγγέλου, στὸ Ρωσικὸ Ἄπω Βορρᾶ, ἀπὸ γονεῖς φτωχούς. Ὁ πατέρας του ἦταν νεωκόρος καὶ τοῦ ἐμφύσησε τὴν ἀγάπη γιὰ τὴν Ἐκκλησία, τὶς Ἀκολουθίες καὶ τὴν προσευχή, τὸν δίδαξε ἐπίσης νὰ μὴ ζητᾶ καταφύγιο καὶ παρηγοριὰ γιὰ τὶς δοκιμασίες του παρὰ μόνον στὸν Θεό. Στὸ σχολεῖο, ὁ μικρὸς Ἰβᾶν δυσκολευόταν πολὺ νὰ μάθει γράμματα, ὁ Θεὸς ὅμως ἄκουσε τὶς παρακλήσεις του καὶ ἐν μίᾳ νυκτῇ τὸν ἀπάλλαξε ἀπὸ τὴν νωθρότητα τοῦ πνεύματος. Ὁ Ἰωάννης ἔγινε τόσο λαμπρὸς μαθητὴς ὥστε κέρδισε ὑποτροφία γιὰ νὰ συνεχίσει τὶς σπουδές του στὴν Θεολογικὴ Σχολὴ τῆς Ἁγίας Πετρούπολης. Ὡς σπουδαστής, ἐνδιαφερόταν γιὰ ὅλες τὶς ἐπιστῆμες, μελετοῦσε πολύ, ἀλλὰ ἀναζητοῦσε πάνω ἀπ’ ὅλα τὴν προσευχὴ καὶ τὴν δοξολογία τοῦ Κυρίου σὲ μοναχικοὺς περιπάτους στὴν φύση.
Ὅταν πέθανε ὁ πατέρας του ὁ Ἰωάννης ἀναγκάστηκε παράλληλα μὲ τὶς σπουδές του νὰ ἐργάζεται ὡς γραμματέας, ὥστε νὰ συμβάλλει στὶς ἀνάγκες τῆς οἰκογένειάς του. Δοκιμάστηκε σκληρὰ ἀπὸ κάθε λογῆς δεινὰ καὶ ἀπὸ τὸν πειρασμὸ τῆς ἀποθάρρυνσης καὶ ἀγωνιζόταν διαρκῶς προσερχόμενος, ζητώντας ἀπὸ τὸν Θεὸ τὴν χάρη τῆς πίστεως καὶ τῆς χαρᾶς. Ἡ θλίψη, ἔλεγε, εἶναι ἀποστασία καὶ θάνατος τῆς καρδιᾶς. Ὁ Ἰωάννης θεωρούσε κάθε γεγονὸς τῆς ζωῆς του ὡς σημεῖο ἐκ Θεοῦ καὶ γι’ αὐτό, μετὰ ἀπὸ ἀποκαλυπτικὸ ἐνύπνιο δέχθηκε νὰ νυμφευθεῖ τὴν θυγατέρα τοῦ πρωθιερέα τοῦ Καθεδρικοῦ Ναοῦ τῆς Κροστάνδης, ἐγκαταλείποντας τὰ ὄνειρα γιὰ ἱεραποστολικὲς περιοδεῖες στὴν μακρυνὴ Κίνα, γιὰ νὰ γίνει ἱεραπόστολος στὴν ἴδια του τὴν πατρίδα, στὸ ναύσταθμο αὐτό, κοντὰ στὴν πρωτεύουσα ποὺ συγκέντρωνε ὅλη τὴν ἀθλιότητα, τὴν κοινωνικὴ ἀδικία καὶ τὴν ἠθικὴ κατάπτωση μίας κοινωνίας ποὺ βρισκόταν στὸ χεῖλος τῆς καταστροφῆς.